История происходит через три года после событий Окарины времени. В ещё одной альтернативной временной шкале Окарины времени, предупредив молодую Принцессу Зельду о реальных намерениях Ганондорфа, Линк решает остаться взрослым по собственным причинам. Тем не менее, зловещие вещи начинают происходить, заставляя задуматься, что зло в конце концов вернулось.
В разгар этого путешествия герой по имени Орсон наносит визит с нашим протагонистом, Кейт. Через серию событий Кейт оказывается втянутой в вековой конфликт, пытаясь найти свой собственный путь в жизни.
В игре 4 концовки: 2 нормальные, 1 тёмная и 1 истинная.
Чтобы попасть на нормальные нужно: не набирать достаточно очков с Линком и последний выбор будет разделением на эти 2 концовки.
Чтобы попасть на тёмную нужно: никому не помогать и думать только о себе, тогда к концу появится выбор, с которого также можно перейти на нормальные концовки.
Чтобы было от чего оттолкнуться, вот путь к истинной концовке:
Не красть. Мне нужно помочь Линку. + 1 с Линком Начать нажимать на кнопки! + 1 с Линком Продолжать смотреть. + 1 с Линком Предложить помощь. Высказаться. + 1 с Линком Я забочусь о нём. + 1 с Линком А что насчёт тебя? + 1 с Линком Подколоть его. + 1 с Линком Быть честной. + 1 с Линком Бросить ему вызов. Одиноким? + 1 с Линком Согласиться с Зельдой. + 2 с Линком Сесть рядом с ним. Не согласиться. Намеренно промахнуться по нему. Не стрелять в Зельду.