Пролог
Первая миссия игры начинается в подземелье, в ходе которой Сареф со своим учителем Фенригом должен завладеть могущественным Кристаллом Шантири. Юноша проходит обучение и забирает Кристалл.

Когда учитель и Сареф возвращаются, Фенриг отправляет своего ученика в город Стоунхелм, чтобы тот помог Менелагу (знатному лорду Стоунхелма и давнишнему приятелю Фенрига) найти Череп Теней (так называемый Череп Седьмого Дракона), для чего ему (Менелагу) требуется Кристалл Шантири. Однако Фенриг не собирается отпускать юношу одного: он призывает девушку-демонессу Зану, которая «вселяется» в Сарефа, и тот получает возможность слышать её советы в своей голове.

Глава 1
Врата Стоунхелма

Сареф прибывает в Стоунхелм. Подъезжая к городским воротам, он слышит разговоры крестьян, в панике перебирающихся в город. По их словам, на Стоунхелм идёт армия некромантов. Чтобы попасть в город, Сареф предъявляет стражнику рекомендательное письмо для лорда Менелага. В это время некроманты начинают штурм города. Сареф спасается бегством. На полпути к укрытию его просит о помощи стражник: юноша должен заменить наводчика баллисты и помочь уничтожить циклопа. Сареф поднимается, встает за баллисту и убивает циклопа. Люди торжествуют. Позже Сареф находит дорогу к особняку Менелага. Он добирается до ворот, где его встречает очаровательная девушка-маг. Сареф говорит с ней, и она представляется как Линна, племянница и ученица Менелага. В главном зале Сареф знакомится с самим Менелагом, тот рассказывает о Черепе Теней, а Линна, в свою очередь, о Тёмном Мессии и об Арантире — предводителе некромантов. Позже Линна и Сареф отправляются спать.

Глава 2
Блеск холодной стали

Ночью Сарефа будит слуга и говорит, что на особняк напали некроманты. Поскольку прямой вход закрыт, Сарефу приходится прокладывать путь через подвал. Он добирается до крыши и проникает в комнату Менелага, где Линну и Менелага берут в заложники некромант и вурдалак. Сареф отвлекает некроманта, однако тот успевает его «заморозить», и юноша наблюдает следующую картину: Менелаг убивает мага-некроманта, но вурдалак, который напал на Линну, убивает Менелага и забирает Кристалл Шантири. Действие заклинания прекращается, и Сареф спешит в погоню за вурдалаком. Линна говорит, чтобы он о ней не беспокоился, и что они встретятся на корабле.

Глава 3
По следам мертвеца

Сареф преследует вурдалака, добирается до убежища некромантов, где в руках Арантира и находится Кристалл. Юноше удаётся отвлечь Арантира и забрать Кристалл. Он спасается бегством через канализацию.

Глава 4
Кровавое море

Сарефу снится странный сон. Он снова видит, как Фенриг снаряжает его в Стоунхелм; однако Фенриг заранее предсказывает, что Менелаг умрёт, а призванная Зана на самом деле является суккубом. Зана всё отрицает и говорит, что это видение наслал Арантир. Сареф встречается с Линной. Та просит вернуть корабль Менелага, захваченный некромантами. Сареф устраивает успешную диверсию и спускает трап, чтобы дать Линне и её команде подняться на корабль. Затем Сареф и Линна отбивают атаки некромантов и, наконец, отплывают.

Глава 5
Храм Паука

Сареф попадает в Храм Паука, проходя через новых противников, орков, и в конце сталкивается с вождём их клана. В этой миссии у него появляется новое «оружие» — лук верхолаза, стрелы которого превращаются в веревки при попадании в деревянные поверхности, что позволяет взбираться в ранее недоступные места.

Встречается с новым персонажем — Дунканом, сталкивается с циклопом, которого игрок может по желанию убить (при этом даются призовые очки). Также в этой главе Сареф убивает дракона Пао-Кая и теряет спутницу Линну в «лапах» неожиданно прибывшего Арантира.

Глава 6
Алтарь Черепа

Сареф попадает в Храм и сталкивается со статуей паука, в которой есть отверстия для кристаллов. Эти самые кристаллы герой и будет искать в течение всей миссии. В миссии Сарефу придётся столкнуться с множеством нежити: зомби, вурдалаками, и лич, способный призывать зомби и колдовать молнии. Пройдя всех этих мертвецов, и заполнив статую паука, Сареф проходит до статуи богини, которая предоставляет ему последнее испытание в виде истребления стаи пауков. После получения черепа игрока ждёт неприятный сюрприз в лице Арантира, который отбирает череп и убивает главного героя. По окончанию миссии проигрывается ролик, в котором открывается, кто Сареф — сын Властелина демонов Кха-Белеха, который должен выпустить родителя из его тюрьмы, став тем самым «Тёмным мессией» из пророчества.

Глава 7
Огонь в крови

Сареф воскрешён благодаря Зане и силе черепа теней. Вместе с воскрешением он получает способность превращаться в демона. Предстоит выбраться из Храма. На этом пути он вернёт свои вещи, по желанию победит очередного циклопа, при этом без призовых очков, побегает от гигантского червя, мимоходом убивая десятки орков и гоблинов. После попадает на корабль благодаря Дункану, который ждёт его с лодкой.

Глава 8
Обитель Праха

Сареф попадает в город некромантов через портал, который он уже видел, когда похитил кристалл Шантири. Ближе к концу миссии Сареф может по желанию спасти Линну, которую считал погибшей, от гигантского паука; по желанию, прислушавшись к Зане, можно убить Линну. Если игрок пожелает оставить её в живых, она попросит Сарефа очиститься от дьявольской ауры — Заны. Если же послушать Зану и убить Линну (или просто оставить её в яме пауков), то в конце 9-й главы, при входе в некрополь, Сарефу предстоит сразится с Линной-личем. Затем он возвращается через портал обратно в Стоунхелм.

Глава 9
Пылающий город

В пылающем Стоунхелме Сарефу предстоит разобраться с немалым количеством вурдалаков и убить очередного циклопа. Дункан погибает в схватке, но успевает направить Сарефа к своему кузену Перси, который проведёт его через закрытые двери. Перепрыгнув через сломанный мост, игрок встаёт перед выбором (при условии, что Линна была спасена из ямы пауков): либо очиститься от спутницы в голове Сарефа (в этом случае он получает в награду 3 самых мощных оружия в игре: лук, посох и кинжалы, а также возможность пользоваться найденным ранее мечом «Коготь дракона»), либо же остаться с ней до конца (тогда он сохранит возможность перехода в облик демона). Во втором случае при входе в Некрополь героя ждет поединок с Линной, которая не простит Сарефу его нежелания расставаться с демонической сущностью. Таким образом, в любом случае одна спутница героя выживет, а другая погибнет.

Эпилог
В эпилоге Сарефу удаётся добраться в конце концов до Арантира, перебив ещё ряд его прислужников. Для решающей битвы Арантир призовет себе в помощь костяного дракона. Одолев Арантира и его союзника, игроку предстоит сделать последний и самый важный выбор: возложить на алтарь Череп Седьмого дракона и продлить заточение отца Сарефа — Властелина демонов Кха-Белеха или же отнести Череп отцу, который с его помощью освободится и вместе с Сарефом завладеет жалкими людскими душами. И то и другое можно сделать в сопровождении любой из спутниц, таким образом есть 4 варианта концовки: освобождённый Кха-Белех убьёт Линну либо вознаградит Зану и будет править миром вместе с сыном, а в случае его заточения Сареф провозглашает свое собственное царствие, оставаясь с Заной, с Линной же очищает мир от зла.

Игрок может перерезать верёвки и обрушивать на врагов тяжёлые предметы, ломать непрочные постройки, мощным пинком насаживать врагов на шипы. В игре можно найти бутыли с маслом, при помощи которых можно заживо сжечь врагов. На усмотрение игрока, эту жидкость можно поджечь заклинанием или горящей стрелой. У игрока есть возможность брать ящики, камни, табуретки и т. п. и бросать их во врагов. Противника также можно толкнуть ногой в желаемом направлении, в многочисленные ловушки и просто пропасти. В игре присутствует масса подобных способов уничтожения врагов. При помощи специального заклинания можно даже покрыть льдом участок земли, на котором враги будут поскальзываться и падать.

Игрок может блокировать удары противника щитом или оружием, наносить быстрые и слабые или мощные и медленные удары. Главный герой способен выучить заклинания холода, замораживающие противников. В игре присутствует достаточное количество костров, в которые можно толкнуть врага, чтобы тот загорелся. Научившись определённым умениям, игрок может прятаться в тени и, не поднимая шум, одним ударом убивать противника кинжалом. По ходу прохождения игры Сареф получит возможность принимать облик демона, становясь при этом сильнее и быстрее. Пребывая в таком виде, игрок может использовать в качестве оружия только свои конечности (в том числе и хвост). Более того, каждая секунда стоит потери жизненной энергии, но зато за убитого противника здоровье пополняется.

Ролевая система основывается на трёх «ветвях» навыков: воин, маг и убийца. Каждая ветвь имеет два корневых навыка, ведущие к другим. Некоторые навыки имеют 3 степени развития. Навыки повышаются за счёт очков опыта, получаемых при прохождении игры. Деления на классы нет, таким образом игрок может развивать смешанные навыки.

Из основных характеристик присутствуют «здоровье», «мана», «урон» и «класс брони». В игре существуют предметы, позволяющие повысить некоторые из этих характеристик (кольца, зелья, особое оружие и т. д.). К примеру, «кольцо мудреца» позволяет увеличить запас маны на 10 пунктов.

В отличие от большинства игр в жанре фэнтези, в Dark Messiah сведен к минимуму процесс развития персонажа и гринд (сбор) вещей. Опыт и какие-либо навыки не повышаются за убийство противников, а только за сюжетные события. Полностью отсутствует торговля, деньги, все игровые предметы можно только найти (а не купить), старые можно только выкинуть. Таким образом игра максимально сосредоточена на сюжете и боевой системе.

Отдельным пунктом следует выделить полоску адреналина. Она накапливается с каждым ударом игрока, нанесённым по врагу. На экране появляется специальный эффект, когда полоска заполняется полностью. Когда уровень адреналина достигнет максимальной отметки, у Сарефа есть возможность совершить смертельный удар (исключением являются боссы и некоторые другие враги).

У игрока есть право выбора в некоторых ситуациях и в конце игры. Хотя игра является коридорным экшеном, в большинстве локаций есть много обходных путей, которые игрок по желанию может использовать: например, если игрок владеет навыками ассасина, он может обойти противников, взломав потайную дверь, а если игрок владеет навыками воина, он может просто пойти напролом, навязав противникам (часто многочисленным) бой.